接种疫苗通常会有一些常见副作用，即接种疫苗后身体出现不良反应，但这正说明疫苗在起作用，成功激活了身体自我免疫反应。也有罕见副作用，即出现概率极小的对疫苗的反应，程度有轻有重。

被疫苗触发而自然释放的化学物质叫细胞因子和趋化因子，也称为趋化激素、趋化素，是细胞分泌的蛋白信号。

激活免疫反应的化学物质让人感到不适，但一般不会严重到干扰日常生活起居的程度，而且大致三天后症状就会消失。

接种疫苗后肯定会出现副作用症状，关键是程度 — 激发的免疫反应不能太大，也不能太小，必须恰到好处；在副作用和免疫力之间找到最佳平衡点。

几种主要疫苗已知最常见的副作用包括扎针处局部疼痛、疲乏、头疼及肌肉疼痛。其他不太常见的副作用包括恶心、发烧、畏寒。 随着接种普及，罕见副作用病例开始增多。

罕见病例中最引人关注的是血栓症状，涉及牛津/阿斯利康疫苗和强生/杨森疫苗。阿斯利康疫苗一度被殴亚十几个国家叫停接种，强生/杨森也曾被美欧和南非叫停。

但是，新冠疫苗和血栓之间是否存在因果关系、如果存在那么诱发机制是什么，目前尚无定论。